学院设预防医学专业和公共事业管理（卫生事业管理方向）2个本科专业。
1. 预防医学专业（五年制）
专业介绍：为国内历史最悠久、学科门类最齐全、学术水平一流的预防医学专业，培养造就了一大批国内外知名的、为公共卫生和预防医学事业发展做出杰出贡献的流行病学家和公共卫生专家。目前专业依托综合性大学多学科优势、优良的教育师资和广泛的国际交流平台，着力培养具有宽广的国际视野和人文情怀以及深厚的科学素养和实践精神的品学兼优的预防医学领军人才，关注各类影响人群健康的因素，探究成因和规律，研究保护整个人群安全的技术方法和对策。已与包括上海市在内的多个省市疾病预防控制中心和卫生监督所等建立长期稳定的战略合作关系，并与哈佛大学、约翰·霍普金斯大学、美国加州大学洛杉矶分校等国际著名高校公共卫生学院实现长期稳定的交流合作。
专业始终秉持“本硕一体化”的培养理念，第一年着重自然科学基础和人文社会理论教育，后四年强化基础医学、临床医学和预防医学的基本理论知识，重视疾病防控和卫生检测技能的训练，并在实践中锻炼学生开展人群疾病预防控制、职业防护、环境健康、营养与食品安全等工作的基本能力，强调学生理论、实践、创新三方面的协调发展。最终，修满规定学分并通过考核者，发给毕业证书；达到学位要求者，授予医学学士学位，可参加国家执业医师考试。
毕业去向：品学兼优的优秀学生可经推荐，在国内和欧美知名院校继续攻读相关专业硕士、博士学位。应届毕业生可进入国家和地方各级卫生行政主管部门、疾病预防控制中心和各级医院从事国家健康政策执行和管理工作，并有资格参加国家执业医师考试、获得执业医师证书；可进入各地出入境检验检疫部门、食品药品监督管理部门、安全生产监督管理部门、卫生监督部门等机构从事健康相关的监测和执法工作，或进入国际组织（如世卫组织）、医疗科研机构、医学院校等单位从事医学行政管理、科研和教学工作。该专业主要培养高素质、技能型人才，毕业生就业率始终高于95%，具有工作和收入稳定、工作研究内容富于探索性和挑战性等特点。目前，仅国家与省级疾病预防控制中心的主要领导中，我院预防医学专业毕业者占了较高的比例。
2. 公共事业管理（卫生事业管理方向）（四年制）
专业介绍：为国内创建最早、学科门类齐全、学术水平一流的卫生事业管理专业，是国家重点学科，培养造就了一大批国内外知名的卫生事业管理专家和领导者。目前专业依托综合性大学多学科优势、优良的教育师资和广泛的国际交流平台，着力培养具有宽广的国际视野、深厚的科学素养和实践精神、品学兼优的卫生事业管理人才，关注研究各类影响人群健康的因素，研究制定和科学评价公共卫生和医疗技术、措施和政策等。目前已与上海市、区各级疾病预防控制中心和卫生监督所建立长期战略合作关系，并与哈佛大学医学院、约翰·霍普斯金医学院等国际知名医学院实现长期稳定的院际交流合作。专业致力于培养兼备医学理论、公共事业、管理学等基本理论和实践技能，有志于从事卫生事业管理的高级复合型管理人才。
专业前两年着重经济管理基础和人文社会理论教育，后两年强化医学基本知识及卫生事业管理技能，重视学生政策法规认知度与卫生管理实践能力的双重训练。专业现拥有上海市卫生局、徐汇区卫生局、复旦大学附属中山医院、华山医院和华东医院等多个专业实习基地。学生在校期间均有机会申请赴境外学习交流。最终，修满规定学分并通过考核者，发给毕业证书；达到学位要求者，授予管理学学士学位。
毕业去向：品学兼优的优秀学生可经推荐，在国内和欧美知名院校继续攻读相关专业硕士、博士学位。应届毕业生可进入国家和地方各级发展与改革委员会（发改委）、人力资源和社会保障部门、食品药品监督管理部门、卫生行政主管部门等政府机构及其下属事业单位，以及三甲医院、医疗科研机构、医学院校等单位从事行政管理、医学科研和教学工作；此外，还可选择跨国制药企业、金融机构中从事医疗相关业务部门（会计事务所、信息咨询公司、证券公司、保险公司、国有银行与境外银行等）。多年来，该专业毕业生就业率始终高于95%，具有就业面广、就业层次高、就业稳定、就业收入丰厚等特点。