学院拥有教育部国家重点学科：流行病和卫生统计学、社会医学和卫生事业管理；部属重点实验室：公共卫生安全教育部重点实验室、卫生部卫生技术评估重点实验室；世界卫生组织合作中心：世界卫生组织职业卫生培训和研究合作中心、世界卫生组织卫生技术评估和管理合作中心。学院为欧洲国际卫生研究生教育网络（tropEd）合作成员单位。学院设有9个校级研究所、研究中心。4个学院研究中心。流行病和卫生统计学为上海市重点学科，妇幼卫生与儿童保健、卫生经济学、流行病学以及健康教育与健康促进为上海市公共卫生重点学科建设承担、参与单位。
学院以保障人群健康、控制重大疾病和科学决策等研究为目标，形成了“重大疾病的流行规律与控制”、“环境医学与卫生毒理”、“人口健康与健康行为”、“社区医学与卫生服务”、“卫生政策与管理”等研究团队，主要研究领域涉及流行病学和卫生统计学、职业健康与环境卫生学、社会医学与卫生事业管理、人口健康等。
科研是学院的重头工作，教师是科研工作的主力军。学院一直倡导、注重科研管理中的服务理念。管理部门努力为主力军做好服务工作。学院科研办主动收集各类科研相关信息，及时准确的向老师传递主动获得的相关信息。对学院科研经费和国际合作来源经费进行了趋势分析，以发现有待进一步改进之处。
整理汇编《公共卫生学院科研管理手册2010版》，发到各教研室科研秘书，并同时上传到学院内网，以方便教师使用和作与时俱进的修订。
科研项目申报管理中建立集体评审制度：对于学校上报有限额的项目的选拔，采取公开招标加相关学科教授集体评审和打分排序的方法，以体现机会均等，公正取舍的原则。不断提高科研项目申报质量：自然科学基金申请中在院级层面设立了学院出资帮助有需要的老师外请专家审阅和修改标书的机制；在新教师科研基金申请中，建立了新教师基金学院开题制度，请学院相关学科资深教授予以点评，严把申请项目的质量，为自然基金的稳定增长做出了重要保障。通过新教师科研基金项目开题报告会促进了不同学科新教师间开展相互交流、及新教师与资深教授交流的平台发展。此外，学院集中组织科研力量对新疆医科大学公共卫生学院的自然基金申报进行修改完善，为该院自然基金申报突破做出了重要贡献。此外，新教师科研基金项目开题报告会是另一个为不同学科新教师的互相交流、以及新教师与资深教授交流的平台。
2008年学院伦理委员会继续严格把关，做好国内外与人群研究相关项目的伦理学初审和复审。对伦理学档案进行了按申请人归类的工作，以便追踪监管。
2006～2012年学院获得的科研经费为2.1亿元。获国家自然科学基金各类项目59项；十一五支撑项目1项；主持“863”项目2项；上海市曙光计划1项。美国国立卫生研究院Fogarty国际中心全球卫生框架计划资助项目和中美NSFC与NIH生物医学合作试点项目各1项；哲学社会科学重大项目立项资助项目、重点项目立项资助项目各1项。被收录SCI论文299篇、SSCI 论文4篇。
2006～2012年获国家科学技术进步奖二等奖1 项；国家部委省市各类各等级奖项37项。