2015年，复旦大学“公共卫生与预防医学”一级学科列入上海市高峰计划的I类建设学科。作为高峰计划的重点建设内容，学科在上海部分地区分别建立了上海社区自然人群队列和上海亲子队列，旨在掌握队列人群主要慢性病的流行现况和发病趋势，探索主要的影响因素，为慢性病防治、临床防治指南制定提供科学证据，为疾病防治策略和措施的制定提供依据。
一、上海社区自然人群队列
在一期高峰计划中，在上海相关社区建立涵盖5万20-74岁居民的自然人群队列，并建立包括血液、尿样在内的标准化生物样本库，以期通过对队列人群的长期、连续、系统地随访，掌握上海地区居民健康状况，人群疾病谱和死因谱的变化趋势，分析主要慢性病发生、发展过程的内在规律，从而达到预防、预测和个体化治疗的目的。根据高峰队列项目建设要求，所有纳入高峰队列的社区居民，在基线需要完成个人问卷、体格检查、生理生化检测以及生物标本的采集。每年依托电子信息系统开展就医行为、慢性病管理等相关信息的随访，每3-5年完成一次包括面对面问卷调查和体格检查在内的随访工作。
2016年4月开始，复旦大学公共卫生学院先后在松江区佘山镇、新桥镇、泖港镇、中山街道、嘉定区的华亭镇、安亭镇以及安亭镇黄渡地区的7个街镇开展了人群队列对象招募以及基线调查工作。
研究对象的纳入标准包括：20-74岁上海市户籍居民，在上述街区居住半年以上，知情同意，生活自理且能够前往社区卫生服务中心完成体检及问卷调查。
基线调查涵盖如下四方面内容：
1. 医学体格检查
医学体检由调查员采用标准方法集中进行，测量研究对象身高、体重、腰围、血压、心率，并进行B超（肝胆胰脾肾，并测量肾脏大小）、心电图检查。身高测量采用金属立柱式身高计，精确度为0.1厘米；体重测量采用电子体重称，精确度为0.1千克；腰围测量采用腰围尺，精确到0.1厘米；血压测量采用电子血压计，精确到1 mmHg。所有测量仪器均应符合国家计量认证要求，测量方法均符合中华人民共和国行业标准-人体健康监测人体测量方法（WS/T424-2013）标准要求。
2. 血样及尿样检测
采集所有调查对象的空腹静脉血，并进行生化检测，包括血常规、血清谷丙转氨酶、白蛋白、总胆红素、肌酐、尿素氮、尿酸、总胆固醇、甘油三酯、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白、空腹血糖、糖化血红蛋白、同型半胱氨酸等指标；采集调查对象的尿液进尿常规检测。
3. 问卷调查
由经过统一培训的调查员完成面对面问卷调查，包括家庭问卷（一户一份）和个人问卷调查（一人一份）。家庭问卷包括家庭经济状况、居住环境和烹调用品的食用状况等；个人问卷包括人口学信息、既往疾病史及家族史、个人生活习惯（吸烟、饮酒、饮茶、及睡眠）、体力活动、饮水、沐浴、饮食与营养、健康自我评价、女性月经生育史及环境状况八大部分内容（详见调查表）。
4. 生物样本库建设
体检同时，采集研究对象空腹静脉血2管5ml，并后期分装为4管血清、2管血块，分别存放。对松江区佘山镇、新桥镇及泖港镇的研究对象，同时采集随机尿样2管各10ml。上述标本分别置-80°C存放。
该队列可为描述我国经济相对发达地区城乡居民慢性病谱及其健康相关危险因素的分布，并探索基于信息化平台的人群队列随访策略与技术、构建主要慢性病风险评估模型提供数据支撑。同时，生物样本库的建设，也为后续从遗传、环境、生活方式，乃至代谢组学等多个层次深入研究危害城乡居民的各类重大慢病的相关因素和机理提供了可能。
截止2017年12月31日，共计招募28018户居民，完成体检47780人，完成问卷调查46676人。
二、上海亲子队列
上海市亲子队列（亲亲宝贝计划）开始于2016年4月，是我国实施全面二孩政策后的第一个大规模前瞻性出生队列研究，目的是探索生命早期生长环境对儿童体格生长、大脑认知和情绪行为能力发展的影响，重点关注亲代围孕产期环境污染物暴露、围孕产期社会心理压力和生活行为方式、喂养模式、亲子沟通交流、早期脑发育激发和家庭经济因素等，运用暴露组学、神经生物化学、表观遗传及代谢组学研究等手段，评估物质环境和社会环境因素对孕产妇及子代健康影响及其交互作用，研究结果可为促进儿童脑功能健康发展，提升学习和创新能力，降低儿童多种发育性心理行为问题和障碍（如注意缺陷和多动、孤独特质、不良情绪等）发生风险及相应政策干预措施提供重要证据，其资金主要是由上海市级财政提供。
队列在上海市浦东新区和松江区的两所区域性服务为主的接产医院首次建卡的孕妇（孕12-16周）中，经知情同意征募对象，并完成孕产期随访；出生后随访由所居住地社区卫生服务中心进行。纳入标准为年龄≧20岁的孕妇和准孕夫妇，能够无障碍地阅读和填写问卷，怀孕前无严重的慢性疾病（高血压、糖尿病、心脏病、肝炎和贫血等），考虑到随访，夫妇至少一方为上海户籍人口，在上海居住1年以上，且3年内不打算搬家，并有意愿在该区妇幼保健院进行产前检查和分娩。截至2018年4月，上海市亲子队列共完成4884名本市和常住户籍孕妇的纳入工作（已剔除失访和退出孕妇）；4274名儿童已经出生，1151名儿童已经随访至1周岁。本队列第一阶段的孕妇招募已于2018年6月结束，计划随访至婴幼儿3周岁。
本队列主要观察内容包括：
1. 孕妇环境污染物的暴露情况
评估抗生素、重金属、新现环境污染物等多种物质的暴露，并采用个体采样与模型模拟来评估孕妇孕期空气污染物的暴露情况。
2. 孕产期妊娠压力相关心理因素
使用成人心理弹性量表、孕期生活事件量表、焦虑自评量表、流调用抑郁自评量表、爱丁堡产后抑郁量表等进行评价。
3. 孕产期行为生活方式因素
分别使用规范的食物频度问卷、吸烟和二手烟暴露问卷、国际体力活动中文版短卷、匹兹堡睡眠质量指数问卷中文版、腕部体动仪记录客观睡眠和身体活动量等进行观察和记录。
4. 妊娠期疾病和妊娠结局
包括孕期疾病（妊娠高血压、妊娠糖尿病、肝功能异常和甲状腺功能异常等），孕期不合理增重，分娩方式和出生体重等。
5. 儿童身心发展因素
分别在出生时、出生后45-60天、出生后6个月、12个月和2周岁，评价儿童的体格（身长、体重）、认知和行为发育水平、社会性反应能力、母乳喂养辅食添加、睡眠、家庭养育环境、亲子沟通和早期刺激、疾病和用药情况等。
整个队列分别在孕早、中、晚期、分娩期和新生儿42天、6月龄、1周岁龄采集血、尿、头发、指甲、胎盘、胎粪、母乳、颊粘膜等各种生物样本，在组学技术及统计学模型应用的基础上，评估环境污染物和紧张性压力因素在生命早期（包括宫内）的低剂量长期暴露对孕妇和子代健康产生的健康损害及可能机制。
目前深入探究的科学问题包括：
1. 孕产妇环境污染物暴露对其心血管系统、骨密度变化、妊娠期疾病以及子代体格、神经发育的影响。
2. 当前社会背景下亲代（尤其是孕妇）在不同妊娠阶段的社会心理压力和行为生活方式对于孕产妇健康和妊娠结局、婴幼儿体格生长、体脂变化和心理行为发育的损害作用和机制。
3. 婴幼儿养育行为和环境因素（包括婴幼儿喂养、婴儿日常生活和室内外活动环境、亲子沟通交流、玩具游戏早期教育刺激等）对儿童身心健康发展的影响。