索晨

多组学恶性肿瘤流行病学

主讲之一：《流行病学实践》、《预防医学（下）》、《R课程》、《流行病学基础》

参与：《肿瘤流行病学》、《流行病学数据分析》、《流行病学原理》、《流行病学》

2008年在新加坡国立大学获得统计学学士学位，2011年在新加坡国立大学公共卫生学院获得卫生统计学硕士学位，2014年在瑞典卡罗林斯卡医学院获医学科学博士学位，2016年于复旦大学生命科学学院遗传与发育协同创新中心进行博士后研究，2018年入职公共卫生学院。从事人群流行病学和分子流行病学研究，与国内外合作者开展了大量研究工作，研究内容涉及基因组学、转录组学、生物信息学等。发表SCI科研论文近50余篇。

担任《中华预防医学杂志》、Bioinformatics、Scientific Data、Phenomics等多个期刊的审稿专家。多次受邀参加国际学术会议如International Society for Clinical Biostatistics, International Society for Computational Biology，并作10余次大会报道。2019年被聘为中国抗癌协会肿瘤流行病学专业委员会青年委员。

上海市公共卫生体系建设三年行动计划优秀青年；

泰州市“113人才计划”;

国家人口与健康科学数据共享服务平台“共享杯”指导教师（优秀奖）。

1. Suo Chen^#, Yang Y^#, Yuan Z^#, Zhang T, Yang X, Qing T, Gao P, Shi L, Fan M, Cheng H, Lu M,. Jin L, Chen X, Ye W, Alcohol intake interacts with functional genetic polymorphisms of aldehyde dehydrogenases (ALDH2) and alcohol dehydrogenase to increase esophageal squamous cell cancer risk. Journal of Thoracic Oncology. 2019, 14(4):712-725.
2. Suo C^#, Qing T^#, Liu Z, Yang X, Yuan Z, Yang Y, Fan M, Zhang T, Lu M, Jin L, Chen X and Ye W, Differential cumulative risk of genetic polymorphisms in familial and non-familial esophageal squamous cell carcinoma. Cancer Epidemiology Biomakers &Prevention. 2019, DOI: 10.1158/1055-9965.EPI-19-0484.
3. Suo C^#, Deng W^#, Vu TN, Li M, Shi L, Pawitan Y. Accumulation of potential driver genes with genomic alterations predicts survival of high-risk neuroblastoma patients. Biology Direct. 2018, 13:14.
4. Suo C, Hrydziuszko O, Lee D, Pramana S, Saputra D, Joshi H, Calza S, Pawitan Y. Integration of somatic mutation, expression and functional data reveals potential driver genes predictive of breast cancer survival. Bioinformatics. 2015. 31(16):2607-13.
5. Suo C^#, Calza S^#, Salim A, Pawitan Y. Joint estimation of isoform expression and isoform-specific read distribution using multi-sample RNA-Seq data. Bioinformatics. 2013. 30(4):506-513.
6. Suo C^#*, Toulopoulou T, Bramon E, Walshe M, Picchioni M, Murray R and Ott J. Analysis of multiple phenotypes in genome-wide genetic mapping studies. BMC Bioinformatics. 2013,14:151.

7. Suo C^#, Xu H^#, Khor CC, Ong RT, Sim X, Chen J, Tay WT, Sim KS, Zeng YX, Zhang X, Liu J, Tai ES, Wong TY, Chia KS, Teo Y Natural positive selection and north-south genetic diversity in East Asia. Eur J Hum Genet. 2012 Jan;20(1):102-10.
8. Suo C, Salim A, Chia KS, Pawitan Y, Calza S. Modified least-variant set normalization for miRNA microarray. RNA. 2010 Dec; 16(12):2293-303.
9. Yang X^#, Suo C^#, Zhang T, Yin X, Man J, Yuan Z, Yu J, Jin L, Chen X, Lu M, Ye W.Targeted proteomics-derived biomarker profile develops a multi-protein classifier in liquid biopsies for early detection of esophageal squamous cell carcinoma from a population-based case-control study.Biomark Res. 2021 Feb 17;9(1):12.
10. Liu Z^#, Suo C^#, Shi O^#, Lin C, Zhao R, Yuan H, Jin L, Zhang T, Chen X.The Health Impact of MAFLD, a Novel Disease Cluster of NAFLD, Is Amplified by the Integrated Effect of Fatty Liver Disease-Related Genetic Variants.Clin Gastroenterol Hepatol. 2020 Dec 30:S1542-3565(20)31729-8.
11. Liu Z^#, Suo C^#, Mao X, Jiang Y, Jin L, Zhang T, Chen X.Global incidence trends in primary liver cancer by age at diagnosis, sex, region, and etiology, 1990-2017.Cancer. 2020 May 15;126(10):2267-2278.
12. Fan J^#, Liu Z^#, Mao X, Tong X, Zhang T, Suo C*, Chen X*.Global trends in the incidence and mortality of esophageal cancer from 1990 to 2017.Cancer Med. 2020 Sep;9(18):6875-6887.
13. Zhu Z^#, Jiang Y^#, Cui M, Wang Y, Li S, Xu K, Zhang K, Zhu C, Xu W, Jin L, Ye W, Suo C*, Chen X*.ALDH2 rs671 polymorphisms and the risk of cerebral microbleeds in Chinese elderly: the Taizhou Imaging Study.Ann Transl Med. 2020 Mar;8(5):229.
14. Jiang YZ^#, Ma D^#, Suo C^#, Shi J^#, Xue M^#, Hu X^#, Xiao Y, Yu KD, Liu YR, Yu Y, Zheng Y, Li X, Zhang C, Hu P, Zhang J, Hua Q, Zhang J, Hou W, Ren L, Bao D, Li B, Yang J, Yao L, Zuo WJ, Zhao S, Gong Y, Ren YX, Zhao YX, Yang YS, Niu Z, Cao ZG, Stover DG, Verschraegen C, Kaklamani V, Daemen A, Benson JR, Takabe K, Bai F, Li DQ, Wang P, Shi L, Huang W, and Shao ZM, Genomic and Transcriptomic Landscape of Triple-Negative Breast Cancers: Subtypes and Treatment Strategies. Cancer Cell. 2019, 35(3):428-440.
15. Li Y, Levran O, KimJ, Zhang T, Chen X*, Suo C*, Extreme sampling design in genetic association mapping of quantitative trait loci using balanced and unbalanced case-control samples. Scientific Reports. 2019, 9, 15504.
16. Zhu Z, Zhang K, CaiN, Charbek E, Miller AC, Zhu S, Suo C*, Chen X, and Song H, Checkpoint inhibitors for stage I to III non-small cell lung cancer treated with surgery or radiotherapy with curative intent: a generic protocol. Cochrane Database of Systematic Reviews. 2019, Issue 6, Art. No.: CD013364.
17. Lazar V^#, Suo C^#, Orear C^#, van den Oord J^#, Balogh Z, Guegan J, Job B, Meurice G, Ripoche H, Calza S, Hasmats J, Lundeberg J, Lacroix L, Vielh P, Dufour F, Lehtiö J, Napieralski R, Eggermont A, Schmitt M, Cadranel J, Besse B, Girard P, Blackhall F, Validire P, Soria J, Dessen P, Hansson J, Pawitan Y. Integrated molecular portrait of non-small cell lung cancers. BMC Medical Genomics. 2013. DOI: 10.1186/1755-8794-6-53.

作为项目负责人或骨干承担国家重点研发计划、国家自然科学基金、上海市"科技创新行动计划"自然科学基金、中美国际重点合作、中奥政府间科技合作、瑞典衰老慢病基金等科研项目。

(1) 国家重点研发计划“重大慢性非传染性疾病防控研究”，2019YFC1315804，基于自然人群队列，建立消化系统癌症和肺癌高危人群早筛液体活检模型，2019.12-2021.12，231万元，在研，负责人；

(2) 上海市公共卫生体系建设三年行动计划优青人才，通过多组学图像学融合探索肿瘤淋巴浸润细胞对食管癌预后影响的驱动因子研究，2020/01-2022/12，25万元，在研，负责人；

(3) 上海市自然科学基金“科技创新行动计划”，20ZR1405600，肿瘤淋巴浸润细胞免疫微环境对消化道肿瘤发展影响的多组学融合分析研究，2020/07-2023/06，20万元，在研，负责人；

(4) 国家重点研发计划“精准医学研究专项”，2017YFC0907000，华东区域自然人群队列研究，2018.1-2021.6，139.2万元，在研，课题二参与单位负责人；

(5) 国家自然科学基金国际重点合作，31720103909，肿瘤高置信基因组突变分析方法学研究和优化，2018/01-2022/12，243万元，在研，骨干；

(6) 国家自然科学基金青年基金，31600673，通过多组学数据融合及临床数据验证预测神经母细胞瘤潜在驱动基因，2017/01-2019/12，19万元，已结题，负责人；

(7) 国家自然科学基金面上项目，31671368，RNA-seq数据中DNA污染的鉴定和消除算法研究，2017/01-2020/12，60万元，在研，骨干；

(8) 博士后特别资助，2017T100267，基于组学大数据的神经母细胞瘤分子分型及预后预测，2017/03-2018/02，15万元，已结题，负责人；

(9) 博士后面上资助，2016M591600，通过整合组学大数据方法探索潜在肿瘤驱动基因，2016/05-2018/02，5万元，已结题，负责人；

(10) 衰老相关疾病瑞典基金项目，整合体细胞突变、基因表达及蛋白功能数据揭示乳腺癌潜在的驱动基因及其对生存率的预测作用, 2014/08-2015/07，1万元，已结题，负责人。

目前课题组有科硕2名，全日制MPH 3名，非全日制MPH2名。