余宏杰

新发传染病和疫苗可预防性传染病：主要是针对严重威胁全球公共卫生安全和我国人民健康的新发、重大传染病，包括新冠病毒感染、新型人感染动物源性流感、季节性流感、呼吸道合胞病毒感染、麻疹、登革热、基孔肯亚热、手足口病等，以往主要运用经典流行病学、传染病学、病原微生物学、免疫学、宿主和病原遗传学、卫生经济学、现代统计学、地理信息学和生态学等多学科交叉技术，研究其传播动力学、流行病学参数、疾病负担、干预措施和临床管理的评价，以及疫苗的效力、效果、安全性和卫生经济学评价等。近年在传染病研究领域拓宽了以往的边界，重点开展新兴跨学科的交叉研究，包括传染病系统免疫学、病毒基因组系统进化动力学、耦合接触与移动网络的传染病动力学建模、新发传染病的传播动力学和复杂建模、宿主病毒排出和免疫应答规律，以及基于深度学习的病毒抗原性和基因变异与进化预测等。

1．传染病系统免疫学

传染病病原体变异通常由宿主免疫和多病原体竞争传播共同调控，而应对新发病原体或已知病原体的新变种所引起疫情的关键在于确定人群的免疫水平，及其如何影响个体内部与个体之间的免疫选择性压力。余宏杰课题组通过建立基于社区人群的血清流行病学前瞻性队列，结合传染病流行病学和免疫大数据、数学机制模型和计算模拟技术，在人群和个体层面刻画全生命周期的病原体特异性免疫力多样性（包括妊娠期母体免疫、子代母源性免疫和自然感染/疫苗接种诱导免疫），及其与内外源性驱动因素的动态博弈。

2．病毒基因组系统进化动力学

结合系统发育学、系统进化动力学、传染病流行病学、生物信息学、生态学和地理统计学等多学科交叉技术，整合基因序列、病毒学监测、人群移动和生态分布等多源数据，从宿主内和宿主间多维视角，开展传染病暴发的时空溯源和时空传播动态研究。余宏杰团队在此领域已开展了系列前沿研究，如定量评估新冠病毒的全球基因监测网络和基因数据共享（Nature Genetics, 2022），汇总开展系统进化动力学研究的方法学进展（Lancet Microbe, 2023），揭示季节性流感在全球（Science, 2024）和东南区地区（Nature Communications, 2025）的传播动态，阐明人感染禽流感A（H5）病毒的全球演化特征（National Science Review, 2025）。

3．耦合接触与移动网络的传染病传播动力学建模

基于现场调查、手机信令、航空网络等高精度人群时空数据，运用复杂网络、行为科学、计算机模拟、空间计算等多学科交叉技术，在高精度尺度下研究人群接触和移动网络的拓扑结构、地域性、时空变化规律，及其与传染病传播的相互作用机制。通过构建群体或个体水平传播动力学模型，准确解析其与传染病疫情时空扩散的关系，评估药物性和非药物性干预措施效果，指导疫情预警以及干预措施的靶向施策、精准评估和系统优化。

4．新发传染病的传播动力学和复杂建模

运用统计和数学模型，研究新发重大传染病的时空分布和传播规律。通过数学建模精确刻画传播过程，理解传染病传播机制、预测疫情发生发展趋势，评估防控措施效果，为公共卫生决策提供科学依据；融合数学、流行病学、生态学、进化生物学、免疫学、社会学及公共卫生等多学科理论与方法，利用数学模型分析病原体进化、人口学特征、人群免疫、人口流动、社会行为及自然环境等因素对暴发疫情时空模式的影响，识别关键驱动因素，揭示传播机制及潜在风险，优化防控策略。

5．宿主病毒排出和免疫应答规律，及基于深度学习的抗原性和基因变异与进化预测

病毒在个体和人群中的感染、致病和传播，及其变异与进化是病原体和宿主免疫系统相互作用的结果。余宏杰课题组通过建立基于医院的病例队列和基于社区的一般人群队列，综合运用病毒学、免疫学、生物信息学和计算生物学等实验技术和分析方法，在个体和群体层面研究宿主的病毒排出和免疫应答规律和机制。在此基础上，结合机器学习/深度学习的方法，构建蛋白质语言模型解析病毒序列变异引起的表型变化及其在宿主免疫压力下的适应性演化，从而解析病毒的感染、致病、传播和进化与宿主间的相互作用关系，进而对病毒免疫逃逸能力和基因进化轨迹进行可解释、可校准的预测。

疫苗研究设计与数据分析（主讲）、传染病建模导论（主讲）、人类的伟大发明：疫苗（主讲）、医学文献评阅和论文写作（主讲）、流行病学方法（参与）。

复旦大学公共卫生学院教授，博士生导师，公共卫生安全教育部重点实验室主任，上海市重大传染病和生物安全研究院副院长。曾任中国疾病预防控制中心传染病监测预警重点实验室常务副主任、传染病预防控制处处长。中国科学院大学医学院兼职教授、香港大学荣誉教授。余宏杰于1994年加入辽宁省疾控中心从事疫苗可预防性传染病的监测和消除工作。2001-2003年，参加中国疾控中心举办的首期“中国现场流行病学培训项目”。2006年，担任中国疾控中心疾控应急办副主任，2012年，任传染病预防控制处处长。2010-2011年，在亚特兰大美国疾控中心任客座研究员。

在国际期刊上发表 SCI 英文论文>290篇，IF 计3,960，其中以第一作者或通讯作者（含并列）发表 SCI 论文197篇，IF 合计2,718，其中IF >10为53篇，包括 Science 3篇、National Science Review 1篇、Lancet 5篇、New England Journal of Medicine 1篇、BMJ 3篇、Nature Medicine 1篇、Nature Genetics 1篇、Nature Microbiology 1篇、Nature Human Behaviour 1篇、Nature Communications 11篇、Cell Research 1篇、Science Advances 1篇、PNAS 2篇、PLoS Medicine 4篇、Lancet Infectious Diseases 7篇、Lancet Microbe 2篇、Lancet Global Health 1篇、Lancet Public Health 1篇、Lancet Child & Adolescent Health 1篇、Lancet Healthy Longev 1篇；5< IF <10为63篇。26篇同期配发专家述评，20篇以 Fast track 发表。Google Scholar 总引用50,437次，h-index 88；17篇 ESI 高被引论文。

兼任WHO免疫策略专家咨询委员会（SAGE）专家组轮值成员。

担任 Emerging Microbes and Infections，Infectious Diseases of Poverty，Global Transitions，China CDC Weekly 的编委，并长期担任 Science，Nature，Cell，Lancet，JAMA，BMJ，及其系列子刊等40余种国际期刊的审稿人。

获国家自然科学基金委“杰出青年基金”资助、教育部“长江学者特聘教授”、中组部“万人计划科技创新领军人才”、国务院“政府专家特殊津贴”、国家卫计委“突出贡献中青年专家”、“吴阶平-保罗杨森医学药学奖”、“树兰医学青年奖”、人社部“国家百千万人才工程”、科技部“中青年科技创新领军人才”和上海市科委“上海市优秀学术带头人计划”。入选科睿唯安2020、2022、2023、2024和2025年度全球高被引科学家、爱思唯尔2021-2024年“中国高被引学者”、全球前2%顶尖科学家榜单中的终身科学影响力排行榜（2021、2023和2024）及2019-2024年度科学影响力排行榜（Stanford University）。

获国家科学技术进步奖特等奖（第九完成人）、北京市科技进步一、二、三等奖（均为第一完成人），教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）科技进步奖二等奖（第一完成人）、中华医学科技奖二等奖（第一完成人）、华夏医学科技奖科学技术奖二等奖（第一完成人）。

（注：共同第一作者标记†、通讯作者标记*）

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2010年以来，作为负责人承担各类科研项目30余项，包括国家自然科学基金委“杰出青年基金”、重点项目、面上项目、国家科技传染病重大专项、科技支撑计划、国家卫生计生委行业专项、上海市科技重大专项，以及WHO、美国NIH、美国CDC、英国NIHR和李嘉诚全球卫生基金会等国际机构资助的科研课题。

1. 研究生培养

作为第一导师已培养博士研究生25人、硕士研究生36人。目前在读博士研究生9人、硕士研究生9人。研究团队获复旦大学“钟扬式科研团队”、“十佳‘三好’研究生导学团队”、“一健康基金”新冠肺炎疫情防控特别奖优秀团队二等奖。指导的研究生和本科生获研究生国家奖学金（3人次）、复旦大学优秀博士学位论文（2人次）、上海市优秀毕业生（研究生：4人次，本科生：4人次）。

2. 博士后培养

指导博士后12人，入选国家博新计划（3人次）、上海市“超级博士后”激励计划（4人次）、及复旦大学超级博士后（3人次）。

• 王微（获中国博士后科学基金面上二等资助；入选人力资源和社会保障部“博士后创新人才支持计划”、上海市“超级博士后”激励计划）
• 蔡俊（入选复旦大学超级博士后）
• 刘恒聪
• 张娟娟（入选复旦大学超级博士后）
• 周永红（入选上海市“超级博士后”激励计划、复旦大学超级博士后）
• 龙璐

• 吴谦惠（入选人力资源和社会保障部“博士后创新人才支持计划”、上海市“超级博士后”激励计划）
• 王岩
• 张荣（获中国博士后科学基金第77批面上项目资助；入选上海市“超级博士后”激励计划）
• 曾金锋
• 陈志元（入选人力资源和社会保障部“博士后创新人才支持计划”）
• Anna Funk（入选复旦大学超级博士后）

3. 青年教师培养

• 吴研鹏（郑州大学，公共卫生学院，助理教授）
• 王微（复旦大学，青年研究员）
• 蔡俊（复旦大学，青年研究员）
• 刘恒聪（上海交通大学医学院，上海市病毒研究院，助理研究员）
• 邓晓伟（南京医科大学，公共卫生学院，副教授）
• 张娟娟（复旦大学，教授，入选2023年国家“万人计划”青年拔尖人才）
• 周永红（上海大学医学院，讲师）
• 杨娟（复旦大学，副教授，获2023年度东方英才计划拔尖项目资助）
• 龙璐（四川大学，华西公共卫生学院，副研究员）